Com o crescente sucesso do NES, os dois resolveram criar algo inovador para o console. Tajiri transformou a revista em uma empresa, a Game Freak, e começou a trabalhar em um jogo. Lançado em 1989, o jogo de puzzle Mendel Palace (Conhecido no Japão como Quinty) fez um sucesso razoável e marcou o início da história da empresa.
No ano seguinte, os dois resolveram criar um jogo para o Game Boy, que tinha feito um grande sucesso com Tetris. Ao ver o cabo de Game Link, Tajiri pensou na ideia de passar informações de um Game Boy a outro. Influenciado por séries como Final Fantasy e Dragon Quest e associando a ideia com a metamorfose, Tajiri criou um RPG onde monstros podiam evoluir e serem passados de um portátil a outro.
Levando o projeto à Nintendo, Tajiri, que tinha a ideia elementar, e Sugimori, que tinha os desenhos dos monstros, receberam conselhos de Shigeru Miyamoto, criador de Super Mario Bros. e The Legend of Zelda, para aprimorarem o jogo, na época conhecido pelo nome de Capsule Monster.
A produção durou dois meses. Neste meio tempo, a Nintendo já estava em declínio, e a Sony sem ideias para o portátil. Poucos da Game Freak acreditavam que o jogo faria sucesso e até mesmo por falta de recursos, as ações da empresa estavam em xeque com Pocket Monsters. Em fevereiro de 1996, são lançados Pocket Monsters Red e Green. Inicialmente, os jogos não fizeram sucesso, mas à medida que os meses passavam mais unidades eram vendidas, até chegar a marca de um milhão de cópias em um ano.
A Nintendo, então, decidiu levar a série para o Ocidente. Porém, o nome foi rebatizado por Pokémon por existir uma série da Mattel conhecida como Monster in My Pocket e também por ser lançado pouco depois do ataque epiléptico no Japão em virtude do episódio envolvendo Porygon, um dos Pokémon. A série tornou-se um sucesso estrondoso nos Estados Unidos, com Pokémon Red e Blue vendendo mais de 200.000 cópias na primeira semana.
A série tinha um slogan, que não é mais usado. No Japão era conhecido como "Vamos Pegar Pokémon!" (em japonês: ポケモンGETだぜ! Pokemon Getto Daze!?), que se tornou a famosa frase "Gotta Catch'em All!" nos Estados Unidos e ficou conhecida no Brasil como "Pokémon, Temos que Pegar!" e em Portugal como "Pokémon, Apanhá-los todos!"
